Era uma vez no Japão um grupo de grandes guerreiros ninja liderados por Yamata, chamados Iga Ninja. Um dia, eles testemunham um lampejo no céu e uma enorme bola de fogo, que cai numa floresta distante. Os guerreiros correm para identificar o misterioso objeto. Ali, ao invés de encarar inimigos previsíveis, encontram criaturas com garras e presas jamais vistas. Os alienígenas brutais e famintos dizimam quase todos os ninjas e deixam poucos sobreviverem. Yamata e seus guerreiros juram vingança e arriscam suas vidas para derrotar os ETs. Entretanto, nenhuma das armas ninjas, nem as espadas ou as estrelas, surte efeito contra os aliens. É quando os maiores ninjas do Japão encaram seu maior desafio!